Según sus creadores: El modo de la historia principal del juego, Ultimate Contest, se desarrolla alrededor de Leaf Village, donde tiene lugar el Torneo Ninja entre los rivales ninjas de Leaf y Sand. El ganador del torneo se coronará Hokage y podrá proponer un nuevo gobierno para Leaf Village, pero este poder no debe caer en las manos equivocadas. Para garantizar que esto no suceda, el jugador entra en el mundo de Naruto para explorar el pueblo Hidden Leaf Village magníficamente renderizado en 3D, se verá inmerso en todos los enfrentamientos de batalla reales, interactuará con los habitantes del pueblo y llevará a cabo 56 misiones.
