El problema está en el sistema de autentificación que utiliza Windows para permitir que un programa se comunique con otro programa. Y es que no hay ningún sistema de autentificación, por lo que una aplicación maliciosa puede enviar un mensaje a un programa que se está ejecutando y cambiar a su antojo sus instrucciones. Esto no se podrá solucionar con un simple parche, por lo que no tiene fácil solución. Fuente y más información Hispasec.